隨著國家自主創新戰略的實施和建設創新型國家目標的提出，特別是溫家寶總理提出國家高新區“四位一體”的發展定位以來，全國高新區發展步伐進一步加快，“二次創業”也進入深化階段。但新時期國家高新區的發展也面臨著一些困惑：2008年新《企業所得稅法》的施行，標志著區域稅收優惠政策已被產業稅收優惠政策取代，國家高新區內企業所獨享的稅收優惠政策宣告終結；不斷加強的土地宏觀調控政策、陸續出臺的建設用地管理措施，使本就受制于發展空間的高新區土地資源壓力進一步加劇；高新區發展不平衡所潛藏的各種問題開始突顯，產業結構調整、體制優勢再造等任務日益艱巨。高新區發展再次迎來新的關鍵節點。如何準確把握政策調整，理清發展思路，找尋最佳發展路徑，探求新的發展方向，賦予高新區新的生命力，成為高新區人最為關注的焦點。
　　高新區不同于其他“經濟特區”
　　國家高新區是“特區”，是一個擁有特殊優惠政策的區域，是一個肩負著特殊歷史使命的區域，是一個營造特殊環境的區域，是一個有著特殊發展速度的區域。但它不是通常人們理解的“經濟特區”，而是“創新特區”；不僅是地方經濟發展的增長點、增長極，而且是創新聚變堆。
　　為什么這么說？首先是由國家高新區的歷史使命決定的。國家高新區的歷史使命是“發展高科技，實現產業化”。在新的歷史時期，國家高新區已成為一種國家戰略，是國家創新體系建設的重要載體，是國家實施自主創新戰略的重要力量，其使命就是溫家寶總理提出的“四位一體”新定位，“努力成為促進技術進步和增強自主創新能力的重要載體，成為帶動區域經濟結構調整和經濟增長方式轉變的強大引擎，成為高新技術企業‘走出去’參與國際競爭的服務平臺，成為搶占世界高技術產業制高點的前沿陣地”。所以，國家高新區要在提高自主創新能力、建設創新型國家進程中承擔起歷史的使命，它不能是“經濟特區”，而應是“創新特區”，這也是區別于其他經濟區域的最顯著的特征。
　　其次，原子理論告訴我們，當兩個輕原子核結合成一個較重的原子核時，就會釋放出巨大能量。我們稱這種結合為聚變，放出的能量稱為聚變能。在人工控制下使聚變釋放出極大能量的裝置，稱為聚變反應堆或聚變堆。國家高新區的發展就是從聚集到聚變的過程，聚集各種創新要素和創新資源，賦予它們良好的催化條件，使之發生聚變作用，最終迸發出巨大的創新能量，形成具有蓬勃朝氣的創新群體，產生強大的創新能力。所以，國家高新區就是創新的聚變反應堆，通過人工控制，使各種創新要素誘發不同于物理混合的化學變化，釋放出各種資源有機配合的巨大能量。
　　國家高新區新的生命力不是單純地依靠招商引資進行企業集中，也不是簡單地依靠擴區進行傳統資源的整合，更不是主動承接發達國家制造業的轉移。國家高新區的使命和特征決定了高新區新的生命力就是創新，持續不斷的創新，優化創新環境，聚集創新要素，培育創新動力，推動產業鏈和研發鏈有機結合成創新鏈，實現產業集群由低成本型向創新型轉變，快速完成聚變反應，最終形成聚變經濟新形態——創新集群。
　　增強要素、資源的聚集力度
　　創新要素包括人才、資金、技術，而人才是第一要素。“一次創業”土地是資本，“二次創業”創新是資本，而人才是創新成敗的關鍵所在。要打造人才高峰，必須堅持在創新實踐中發現人才，在創新活動中培育人才，在創新事業中凝聚人才，不但為高端人才提供良好的創新創業環境，而且要提供高品質的生活鏈。
　　創新資源包括大學、研發機構、有核心技術的高成長性企業、科技中介機構等。
　　必須把聚集創新要素和創新資源作為高新區建設的首要任務，務求在吸引國內外著名的研究型大學、研究機構等方面取得重大突破；在集聚高層次、創新型人才尤其是研究型團隊方面取得重大進展；在發展風險投資機構、科技中介服務機構等方面取得重大成效，引進國內重點科研院所和重點大學的研發機構，跨國公司和國內著名企業及其研發機構，各類新技術、新產品開發中心，擁有自主知識產權的規模企業及其重點高科技成果轉化項目，國內外著名的技術認證、技術服務、技術支持等中介服務機構等，努力將高新區打造成各類要素的首選之地。
　　建立創新動力機制
　　創新要素和創新資源聚集之后，需要通過創新動力機制進行有效整合，實現資源配置優化。創新動力機制包括觀念重塑機制、創新激勵機制、環境優化機制、產學研合作機制。
　　觀念重塑機制，指高新區人必須增強國家高新區的使命感和責任感，必須強化國家戰略意識，必須突破思想的保守性、思維的陳舊性、思路的局限性，敢想敢干、敢闖敢試、敢為人先，用新觀念、新思維研究新情況，用新舉措、新辦法解決新問題，使創新成為高新區上下的自覺行動和永恒主題，不斷激發高新區的創新活力。
　　創新激勵機制，指高新區必須建立鼓勵創新的激勵政策。有效的創新激勵機制，必將使園區始終保持創新的動力和活力。激勵機制恰如一塊“電磁鐵”，通過對創新主體、創新個體產生“磁場”——實施恰當的精神獎勵、物質獎勵，能夠牢牢地“吸引”個體和主體向高新區期望的目標靠近，使高新區的企業和研發人員積極地投身于自主創新活動。在當前政策空間相對有限的情況下，可以借鑒學習上海浦東新區和天津濱海新區在推進國家綜合配套改革試點過程中推出的一系列促進高新區及企業發展的政策措施。
　　環境優化機制，指高新區應著力營造各種科技創新要素——引得進、留得住、發展好的環境，形成局部強勢，這是高新區快速發展的保證，也是高新區成為“創新特區”的保證。創新環境主要包括產業環境、服務環境、金融環境、人文環境等內容。要以最優良的產業環境激勵企業發展，以最優質的服務環境推動企業創新，以最優惠的金融環境吸納創新機構與人才，以最和諧的人文環境形成共享、共創、共贏的創新文化氛圍。
　　產學研合作機制，就是積極探索和推行符合市場經濟要求的產學研聯合機制和組織形式，創新合作方式，提高合作層次，著力形成產學研共同體，力求在技術轉移、委托開發、聯合創辦經濟實體等方面取得新突破，形成各類主體協同互動的發展局面。這是創新活動的“絮凝劑”和“驅動力”，不是各種科技資源的簡單集聚和堆積，而是一種順應經濟社會和科學技術發展需要的新型社會組織形式，是一種科技與經濟結合，大學之間、研究機構之間、企業之間以及三者之間的互動關系，是建筑在一定利益關系之上的共享兼容、分工協作的體制、機制以及開放式、網絡化的組織結構。
　　高新區是有效整合各類資源的引導者、組織者、實施者，首先要建立公共技術平臺，為產學研結合提供載體。其次要建立產學研人才互動模式，形成人才良性互動的體系，組建企業高校相結合的技術創新中心，使企業和高校的人才實行“緊密型”結合；建立俱樂部制的技術創新中心，形成“準緊密型”的人才結合模式；高校優秀技術人才進入企業,形成“松散型”人才流動模式。第三，要鼓勵企業通過委托開發、聯合開發、共建研發機構、創辦經濟實體等各種形式，與大學、科研院所、專業技術服務企業建立技術合作聯盟，開展聯合創新，形成人才、技術、項目的創新聯動。第四，要支持產業鏈關聯企業的集群研發創新活動，鼓勵建立基于核心技術組成產業聯盟和技術聯盟。
　　十幾年來，從科技部到各省區市政府集中了有限的資源向國家高新區傾斜，有效地推動了國家高新區的環境優化和產業發展。在新時期，要不斷賦予高新區新的生命力，除了高新區自身要建立和完善創新動力機制外，各級政府同樣要賦予高新區新的生命力，要真正將國家高新區作為“創新特區”來對待，給予特殊關注和支持。通過立法賦予高新區以法律地位；通過國家各類創新計劃重點向國家高新區內的研發機構、高新技術企業、中介機構、產學研聯盟傾斜，聚集創新資源；通過各類創新基金和產業化資金重點投入高新區內技術轉移專項、創業投資基金及公共服務機構平臺的建設，優化創新環境；通過地方政府實施高新區聚焦戰略，集成各類創新要素，支持高新區自主創新；通過政策扶持和高新區內生增長機制的建立，大力促進國家高新區的可持續發展。