近年來，南京高新區以爭創區域科技創新中心為目標，持續深化體制機制改革，有效促進了高質量發展。2021年前三季度，南京高新園區申報高新技術企業近6000家，占南京市的比重超過80%；科技型中小企業入庫數超過1.2萬家，超額完成全年目標，占南京市比重約86%。企業研發費用、高技術制造業產值、高技術服務業營業收入，占南京市比重均約80%。南京高新區已成為南京市企業科技創新的主陣地。

　　在體制改革方面，“一體化”推進“去行政化”體制改革。南京高新區按照“企業化管理、市場化運作、專業化服務”的理念，全面開展“去行政化”改革。同時，依據自身實際設計績效薪酬考核體系，明確剛性淘汰率，薪酬管理由“鐵工資”向“活薪酬”轉變。園區管理機構按需設崗、動態優化，大幅壓縮管理層級，實行全員競聘上崗，淡化人員身份，實現干部人事管理由“身份管理”向“崗位管理”轉變。

　　作為南京開展創新工作的“先手棋”，目前該市新型研發機構已累計備案組建超352家，并全部落戶南京高新區；作為全新的體制架構和運營模式，新型研發機構采用混合所有制形式組建，人才團隊持大股、政府性基金和平臺等多方參與，組成了全新股權架構，形成了以項目化、企業化形式落地，引入職業經理人作為機構“合伙人”的新運營模式。為了大力培育高水平、高標準新型研發機構，引導其面向產業現實需求，突破關鍵核心技術，推動科技成果轉化為生產力，通過產業、技術、學科的聯動實踐，推動新的理論探索和研究深化。與此同時，新型研發機構不僅是研發實體，而且是科技企業孵化器。目前，新型研發機構孵化科技型企業超過6000家，使得這些企業更加聚焦高新技術產業，實現了從“0”到“1”再到“N”的產業化裂變。

　　在產業發展方面，南京高新區積極推動八大產業鏈高質量發展。目前，南京高新區15個高新園區的主導產業占各個園區規模的60%以上，形成了一園主導、產業鏈協同和多園競合等多種布局模式，而且實行“一條產業鏈，一位市領導，一個工作專班，一位專班負責人”的“鏈長”工作推進制。

　　南京高新區還積極推動各園區新產業布局，南京高新區（總部）積極籌建未來產業促進中心的同時與各園區積極協商確定未來產業的定位，在新的產業賽道上提前布局。

　　在校地融合發展方面，南京高新區大力推進“巷·港·灣”校地融合發展，引導高校通過共建城市硅巷、大學科技園、創新灣區等多種方式參與建設。例如，玄武園、鼓樓園、秦淮園等與駐區高校共同推進城市硅巷建設，盤活主城空間資源，激發創新活力。東南大學與江北新區合作共建東南大學江北新區國際創新港，主要推動集成電路設計自動化。